Wenn man eine Anwendung bzw. eine EXE-Datei als Dienst laufen lassen will, hat man die Möglichkeit dies über diverse Programme zu tun.
Mein Tipp:
http://www.pirmasoft.de/runassvc.php
Wenn man jetzt einen Dienst installiert hat, den man anschließend nicht mehr haben will, kann man diesen mit folgendem Tool von Microsoft löschen: Tool

(Das Tool ruft man dann über die cmd.exe auf und gibt als Parameter den Dienstnamen an.)

Aktualisierung

Dies ist natürlich eine nicht ganz schöne herangehensweise. Wenn man kann, sollte man in seine Software ein richtiges Dienstverhalten implementieren. Eine Dienst-Anwendung muss schließlich sauber beendet werden können und darf nicht mittendrin an irgendeiner Stelle seine Bearbeitung beenden.